枸橼酸杆菌肺炎的治疗原则主要为抗枸橼酸杆菌治疗，选用敏感抗生素进行抗菌治疗，积极治疗原发病，支持治疗，防治并发症。
一、药物治疗
1、抗生素治疗：目前多用敏感的头孢类和喹诺酮类抗生素，根据药敏试验结果进行调整，应遵循早期、足量、静脉用药及足够疗程的原则。
2、二联药物治疗：对危重患者可选择二联药物治疗，可使用支气管扩张药、祛痰药，以利呼吸道通畅。对严重患者可适当输新鲜血浆、人血白蛋白、人血丙种球蛋白，对白细胞或粒细胞计数减少者，可使用重组人粒细胞集落刺激因子治疗。
二、其他治疗
1、吸氧或使用呼吸机辅助通气，以纠正低氧血症。
2、静脉输液，目的是纠正患者的水和电解质紊乱，适用于长期发热的患者，可维持人体内正常的体液含量。