先天性跖骨内收畸形的病因包括，遗传因素、环境因素及综合因素。先天性跖骨内收畸形好发于高龄孕妇、叶酸缺乏、病毒或环境污染、家族中有先天缺陷者等因素。
一、主要病因
1、遗传因素：包括染色体异常和基因异常。
2、环境因素：包括生物因素、化学因素、物理因素和药物因素等，如接触到苯、致畸病毒、有害气体、过量射线等。
3、综合因素：有学者认为是由于胎儿在子宫内位置不正所引起，先天性跖内翻畸形也可伴随其他先天性畸形发生。
4、发育异常：认为是由于胎儿在子宫内位置不正所引起，畸形在出生时不一定明显，先天性跖内翻畸形也可伴随其他先天性畸形发生，可能是由于子宫内受压迫或者是“包裹”引起，或者是在子宫内生长发育的时候受到了挤压。
二、诱发因素
目前暂无循证医学证据支持该疾病诱发因素。