真菌性关节炎的主要病因是真菌感染，真菌进入人体时侵害筋骨系统，可引起骨关节病变。此外，机体抵抗力低下、体内菌群紊乱、医疗器械留置时间过长等因素也可引起真菌性关节炎。真菌性关节炎好发于免疫功能低下者，长期使用抗生素、皮质类固醇以及其他免疫抑制剂的人群，以及长期接受化疗的白血病患者。
1、真菌感染：本病常见的致病因子是真菌，各种真菌均可引起患者的骨关节病变，社区感染以申克孢子丝菌较为多见；医院感染以假丝酵母菌、组织胞浆菌等较多见。粗球孢子菌、皮炎芽生菌、念珠菌、隐球菌等也是常见的致病菌。可以通过血液感染、皮肤感染和接触感染等。
2、机体抵抗力低下：慢性消耗性疾病，如系统性红斑狼疮、恶性肿瘤，导致患者抵抗力低下，部分在人体寄居的致病菌，如白色念珠菌，转化为致病菌，引起真菌性关节炎。
3、体内菌群紊乱：好发于长期使用激素、免疫抑制剂患者、免疫力低下者，人体正常菌群在药物作用下，菌群紊乱，使致病菌容易侵犯关节，出现真菌性关节炎。
4、医疗器械在体内留置时间过长：由于各种原因需要将鼻饲管、尿管、胃管等长时间留置在人体中，给真菌繁殖提供有利条件，引发感染。