目前对巨趾畸形尚无统一的治疗指南，主要通过手术治疗修复畸形足趾的外观，同时保留足趾感觉和关节的活动。常用治疗方法有软组织切除术、巨指缩小术、骨骺阻滞术、截骨术、截趾术、趾列切除术等。
一、药物治疗
本病无法通过药物治疗。
二、手术治疗
1、软组织切除术：单纯的软组织切除术只适用于静止型巨指畸形，对于较严重的巨趾，单纯的软组织切除术不能有效的减小足患部的体积，最多也是暂时的缩小，很多都需要再次治疗。同时，单纯的软组织切除术后仍有组织肥厚、外观难看和功能部分缺失的可能性。因此，目前临床上很少单独采用单纯的软组织切除术。
2、巨指缩小术：对于已成年且不再增长的巨趾常采用巨指缩小术，一期手术为缩短巨趾，制作带蒂的指甲瓣，二期则切除缝合过剩的皮肤组织。
3、骨骺阻滞术：骨骺阻滞术适用于进展型巨趾畸形，为手术破坏或切除巨趾的骨骺，以阻止骨的纵向生长，临床上此种方法采用较多。
4、截骨术：趾骨切除术可用于缩短畸形增长骨的长度，是临床上最常用的方法之一。该方法能够保留足趾的基木功能，并且外型易被患者接受，但不能用于拇趾。
5、截趾术：截趾术适用于过大的、不但本身失去功能、还影响其他趾功能的巨趾。但截趾意味着牺牲整个趾，将会导致不可逆转的功能丧失和严重的美观缺陷。同时截趾术不能保证局部组织不再生长，所以可能还是需要行二次手术。对于出现疼痛症状的巨趾畸形，在病变段作截趾术可能会造成难治性的灼性神经痛。因此截趾术通常是最后采取的方法，必须经过慎重考虑和充分的医患沟通。
6、趾列切除术：对于巨趾畸形患者，巨大畸形的足趾常造成行走不便和穿鞋困难，对该类患者，手术的主要目的是还其一双可以正常行走和穿鞋的脚，对此趾列切除术能很好的达到此目的。