骨不连的治疗主要是通过手术进行治疗，手术方法主要包括植骨、固定及关节置换、融合。对于存在感染的患者，可使用抗生素控制感染，治疗周期多需3～8个月。
一、一般治疗
嘱患者戒烟、停止服用可以诱发骨不连的药物，同时积极纠正患者的营养情况。
二、药物治疗
1、抗生素：对于骨不连同时伴有感染的患者，可以根据细菌培养及药敏结果，使用适合患者的抗生素，如头孢呋辛酯、甲硝唑等。
2、双柏膏：外敷患部，同时进行包扎固定，24小时换药1次，皮肤过敏者停止使用。
三、手术治疗
1、植骨：植骨是治疗骨不连最常用的方法，骨的来源有自体骨、异体骨、人工合成骨替代物等。植骨或者植骨加上内固定可帮助刺激新骨形成，从而促进骨折的愈合。
2、固定：可根据患者的具体情况选择交所髓内针内固定或动力加压钢板固定。交所髓内针适于长骨骨不连，如胫骨、股骨、肱骨等，如果对线尚可或可以闭合复位，则不必切开骨折部位，一般也无需植骨，当需要切开时，一般也仅需局部的显露和切除。动力加压钢板适合于周围软组织条件较好并且没有骨质疏松的骨不连，可用钢板螺钉固定，依情况植骨或不植骨。
3、关节置换术：关节置换术是治疗关节骨折骨不连的最可行治疗方法，既能消除关节疼痛等临床症状，又能改善关节的运动功能。适用于大于60岁以上患者，存在晚期假体松动等并发症。
4、关节融合术：人工关节虽然有着其独特的疗效和优势，但由于其并发症限制了其使用，因此，并不能完全替代关节融合术。因此对于年龄小于50岁、从事体力劳动的成年人，在发生关节骨折后骨不连时，还是一般主张使用关节融合术。