肥大性骨关节病根据发病病因不同，治疗方式有所不同。原发性肥大性骨关节病主要针对症状治疗，而继发性肥大性骨关节病除了对症治疗外，还需积极治疗原发病。
一、药物治疗
1、药物治疗以对症治疗为主，关节肿痛可应用非甾类抗炎药或者糖皮质激素。
2、面部皮肤皱褶，影响美观时可局部注射A型肉毒素。
3、β受体阻滞剂可治疗多汗，如普萘洛尔等。
4、可以使用双膦酸盐类药物，能抑制破骨活性增加而导致的骨吸收，控制原发性肥大性骨关节病患者的骨膜增生和减轻骨痛，如帕米膦酸或唑来膦酸。
5、使用利妥昔单抗可以控制原发性肥大性骨关节病患者的骨膜增生和减轻骨痛。
6、改善患者皮肤状态可使用维A酸。
二、手术治疗
1、对于面部严重皱纹药物治疗无效者，可以进行面部整形手术。
2、对于继发性肥大性骨关节病的原发性肿瘤或先天性心脏病，可以进行对应的手术治疗。
三、其他治疗
针对引起肥大性骨关节病的原发性恶性肿瘤，可进行放化疗。