骨干续连症的病因多与基因突变、致畸化学药物、物理射线及病毒感染有关，好发人群是孕期致畸的胎儿和致畸环境的男性，而孕期化浓妆、接触猫狗、饮酒及精神紧张等可诱发此病。
一、主要病因
1、基因突变：在一定的外界环境条件或者生物内部因素作用下，DNA在复制过程中发生偶然差错，使个别碱基发生缺失、增添、代换，因而改变遗传信息，导致基因突变致畸。
2、致畸化学药物暴露：长期在致畸化学环境下，容易导致胎儿畸形。
3、物理射线：从事放射医疗工作的孕妇，容易造成胎儿畸形。
4、病毒感染：因孕妇体质虚弱病毒感染造成发烧感冒，孕妇高热容易导致胎儿畸形。
二、诱发因素
1、化浓妆：每天浓妆艳抹者胎儿畸形的发生率是不浓妆艳抹的1.25倍，对胎儿畸形发育所产生不良影响的主要是化妆品中含的砷、铅、汞等有毒物质，这些物质影响胎儿的正常发育，其次是化妆品中的一些成分，经阳光中的紫外线照射后产生有致畸作用的芳香胺类化合物质。
2、接触猫狗：带菌的猫、狗也是一种对导致胎儿畸形威胁很大的传染病源，而猫的粪便则是这种恶性传染病传播的主要途径。
3、饮酒：酒精可通过胎盘进入发育胚胎，对胎儿进行严重的损害。
4、精神紧张：肾上腺皮质激素与人的情绪变化有密切关系，孕妇情绪紧张时，肾上腺皮质激素可能阻碍胚胎某种组织的融汇作用，如果发生在妊娠期间的前3个月，就会造成胎儿畸形。