1、胸部X线片：胸部X线片是一种影像学检查方法，方便快捷、价格低廉，可用于早期筛查。军团菌肺炎X线片表现为双肺斑片状影或肺段实变，胸部影像相对特异性的表现是磨玻璃影中混杂着边缘相对清晰的实变影，一般无空洞形成且进展迅速，偶有胸腔积液。
2、细菌培养：军团菌的培养为诊断的金标准，可以取下呼吸道分泌物、支气管肺泡灌洗液等，但需要特殊培养基，其阳性率较低，一般培养3~5天。
3、血清学抗体检查：血清学抗体是一种常用的实验室检查方法，军团菌肺炎患者急性期及恢复期双份血清抗体滴度升高≥4倍。
4、血清学抗原检查：多数患者在感染后2-3天尿抗原为阳性，目前有两个检测手段免疫层析法和酶免疫测定法，目前已开发为快速的指示卡形式。
5、核酸扩增法(NAAT)：在检测军团菌方面技术成熟，是诊断军团菌的可靠工具。