膝半月板囊肿的发生原因，至今尚不十分清楚，可能与组织退变、不同程度的半月板畸形、外伤有关。本病好发于20~30岁的年轻人，暂无明确诱发因素。
1、退行性变：膝半月板囊肿的形成系组织退变引起的，与腱鞘囊肿的发生机制一样。囊肿的原发病理改变系结缔组织的改变，显微镜检查系退化的纤维样变，纤维结缔组织退化并被消化。
2、畸形：囊肿多位于半月板的边缘区。小的囊肿只有2mm，周围有纤维组织包绕。内侧膝半月板囊肿少见，主要系内侧副韧带和内侧半月板紧密相连，没有潜在的空腔，内侧半月板活动性小，受伤的机会亦少。外侧半月板有相当大的潜在腔隙位于肌腱和外侧半月板的外围，且无滑膜附着。囊肿多位于半月板外周，常常膨胀且有胶冻样物质，有时创伤后腔内出血呈深褐色，以后逐渐形成了囊腔。
3、外伤：半月板囊性变可能是外伤引起的，囊肿和纵裂一样，运动引起局部出血和囊变。有的损伤后6～12个月，外侧半月板发生囊性变。病变多位于外侧半月板的中1/3，且外侧半月板的边缘较内侧半月板的边缘厚且易直接受伤。