颌骨畸形性骨炎的主要病因尚不明确，可能与遗传和环境有关，有家族史者属于好发人群，与遗传有关，目前颌骨畸形性骨炎未明确其他诱发因素。
1、遗传：颌骨畸形性骨炎本身具有遗传倾向，瑞典统计了39000人口的颌骨畸形性骨炎发生率，发现患颌骨畸形性骨炎的患者亲属中6.4％患有颌骨畸形性骨炎，而普通人口中只有2％患颌骨畸形性骨炎。
2、感染：颌骨畸形性骨炎皮损内可检出细菌，发现血液内有抗体存在，而发生颌骨畸形性骨炎者抗体值愈高，因而怀疑与细菌感染有关。
3、外伤：有许多报道发现在创伤后可激发颌骨畸形性骨炎，其机制不明，可能和炎症反应有关。