肺泡微结石症是一种比较罕见的慢性疾病，目前关于本病的发病原因尚不明确，临床上多认为与常染色体隐性遗传以及先天性的肺内钙磷代谢异常有关。本病好发于家族中患有本病者、父母为近亲结婚者，长期抽烟者、长期接触油印墨盒和含钙盐的烟草者会加速本病的发展。
肺泡微结石症的病因不明，但其特点之一是有明显的家族史，目前已报告的患者中50%以上有家族史，因此，使人们想到它与遗传的关系，可能是属于常染色体隐性遗传的疾病。肺泡微结石症的发病机制还不清楚，目前有3种不同的学说：
1、肺泡表面先天性的代谢障碍，结果导致钙和磷酸盐在碱性的环境中沉积下来。
2、炎症或炎症过程引起肺泡渗出，后来液体吸收，钙球形成。
3、肺泡微结石症是钙代谢的系统性疾病在肺局部的表现。