先天性喉软骨发育不良为一自限性疾病，一般可随年龄增长，症状减轻或消除。处理主要取决于其严重程度。保守治疗为补充钙，避免仰卧激惹和胃食管反流。对有严重的呼吸道阻塞的重度先天性喉软骨发育不良或未能自愈的患儿可采取手术治疗。
一、一般治疗
为补充钙，避免仰卧激惹和胃食管反流。对于营养不良、生长发育缓慢、已知有胃食管反流的婴儿，可内科治疗，包括应用抑酸药物以及高热量配方的食品。
二、药物治疗
先天性喉软骨发育不良无特效药物，继发肺内感染可考虑应用抗生素治疗。
三、手术治疗
喉内镜下声门上成形术：主要为用显微喉钳或喉剪切除覆盖于杓状软骨上多余的黏膜，必要时连同楔状软骨和杓会厌嬖上臃肿的黏膜一并切除，但必须保留杓间区黏膜以免瘢痕粘连。如杓间区有粘连，可用CO2激光将其分离。单用CO2激光行声门上成形术，激光能量6~9W，光斑直径约0.5mm，具有出血少、准确性高等优点。
四、其他治疗
严重先天性喉软骨发育不良如果出现喉梗阻、窒息的情况，可紧急行气管切开术。