肠球菌肺炎的治疗原则是明确病原体，根据药敏结果抗菌治疗，同时注意积极治疗基础疾病、呼吸支持、器官功能支持、营养治疗等。
一、一般治疗
注意休息，合理膳食，保证充足的睡眠和营养。
二、原发病治疗
肠球菌肺炎患者多合并基础疾病，治疗的过程中要积极进行基础疾病的诊治，如慢性阻塞性肺疾病患者需注意抗炎、解痉平喘，糖尿病患者注意调控血糖及并发症的处理等。
三、药物治疗
1、多肽类：包括万古霉素、替考拉宁等药物，对敏感的肠球菌疗效显著，目前多见耐万古霉素肠球菌，临床使用时要根据药敏结果而定。
2、利奈唑胺：利奈唑胺是一种合成的恶唑烷酮类抗生素，用于治疗革兰阳性球菌引起的感染，可用于耐万古霉素肠球菌感染，疗效显著。
3、喹诺酮类：喹诺酮类药物可灭活几乎所有需氧革兰阴性菌，包括肠球菌在内的大多数革兰阳性球菌，杀灭细菌于静止期。但目前发现喹诺酮类对肠球菌耐药已达40%，因此需根据药敏结果选用敏感的喹诺酮类抗生素。
4、青霉素和氨苄西林：其对大多数肠球菌有效，尤其是对粪肠球菌效果好，而且其副作用小、价格便宜，为治疗肺部肠球菌感染的首选抗菌药物。但近年来肠球菌对青霉素族抗生素已呈现逐渐增高耐药趋势，故使用时应结合药敏结果。
四、营养治疗
注意营养支持治疗，补足热量，高蛋白饮食，纠正营养不良。对于病情严重者，合并脓毒症等，评估患者营养状况，尽早给予肠内、肠外营养。
五、其他治疗
1、呼吸支持：引流气道分泌物，保持呼吸道通畅。根据患者血氧情况选择合适的氧疗。患者情况恶化，呼吸衰竭，评估病情，及时给予机械通气。若仍不能有效改善病情，给予体外膜肺氧合治疗。
2、器官功能支持：保持血流动力学稳定，控制血糖，预防应激性溃疡，注意其他器官的功能维持。