痰检结核杆菌为阴性，并不能作为诊断肺结核的依据。临床上一部分肺结核患者痰检是阴性的，常见于经过抗结核药物规范治疗两周以上，患者从呼吸道排出的痰液中几乎不含有结核杆菌，没有任何传染性。此时，痰液检查不出结核杆菌，结果为阴性。另外也见于虽然经过抗结核治疗，但是治疗并没有规范。体内仍然存在结核杆菌，但是没有症状，比如包涵在结核球内，病情属于非活动期。这个时候呼吸道也不会排出结核杆菌，痰检为阴性。所以痰检结核杆菌只是作为衡量肺结核是否有传染性，以及抗结核治疗疗效的一个指标。