甲状舌管囊肿，一旦确诊，为了避免囊肿增大，或囊肿感染、局部破溃，需要尽早行囊肿切除术。手术一般采用颈外进路，分离颈前带状肌，暴露囊肿，将其向上游离，于舌骨中份切除约1cm长舌骨，充分暴露囊肿根蒂部，将囊肿及其根蒂部一并切除，术中需要注意避免损伤喉咽部黏膜，并严密止血，避免出现局部血肿或导致感染。如果是局麻下手术，术后两小时可以进食流质饮食，如果是气管插管全麻下手术，术后六小时可以进食流质饮食，手术三天后可以进食半流质饮食，术后十天可以普通饮食。