大多数反应性关节炎，预后良好良好，大约半年或1年左右，患者的关节症状症状会消失，皮疹或眼炎也不遗留后遗症，有自愈倾向。少部分患者，可能病情反复发作，出现关节肿痛，最终迁延不愈转变为慢性过程，严重的可以晚期出现关节畸形。还有一部分反应性关节炎患者，最终转化为其他的脊柱关节病，比如强直性脊柱炎、银屑病关节炎、肠病性关节炎，需要长期服用药物治疗，防止出现关节畸形和脏器损伤。