阿法骨化醇软胶囊和骨化三醇都是维生素D3的衍生物，但是两个药是有区别的，它们在体内的过程和适应症是不一样的。
阿法骨化醇本身不具有药理活性，需要在肝脏代谢，为有生理活性的骨化三醇发挥作用，主要用于老年性的骨质疏松症、甲状腺功能低下症和抗维生素D的佝偻病的患者。而骨化三醇本身是具有生理活性的药物，无需经肝脏活化，适用于血液透析患者的营养不良，如血钙浓度正常或略低的患者。
与阿法骨化醇相比，骨化三醇的作用更直接，但对血钙浓度影响较大，易出现高血钙症，且价格较贵，患者应在医师指导下根据自己的情况合理选择药物，且不可擅自购买服用。