衣原体肺炎发病较为急骤，初期有发热、头痛等症状，还会有典型呼吸道症状，如咳嗽、湿啰音等，及活动状态下有呼吸困难、咽喉部肿胀和疼痛，并有捻发音，恶心呕吐。
部分呈咽炎征象，1~3周以后会发展成肺炎或支气管炎之类的，咳嗽加剧并可引起肺外感染等症状。例如中耳炎，关节炎，此病可合并甲状腺炎及其他疾病。