生殖系统疾病包括生殖系统感染，与性功能障碍相关疾病，生殖系统畸形等。
1、生殖系统感染包括包皮龟头炎、睾丸炎、附睾炎、尿道炎，以及女性有阴道炎盆腔炎、附件炎、宫颈炎、子宫内膜炎，或者艾滋病、梅毒、淋病、尖锐湿疣等性病。
2、性功能障碍相关疾病一般是男性，包括性欲低下、早泄、遗精、勃起障碍、不育症等疾病。
3、生殖系统畸形，男性一般包括无睾症、单睾丸、隐睾症、异位睾丸、包茎等，女性一般有双子宫、残角子宫、先天性阴道缺如、阴道纵隔、双阴道等。