衣原体肺炎发病比较急骤，初期以发热，头痛为主，呼吸道典型症状可有咳嗽，湿啰音等，并有活动后呼吸困难，咽喉部肿胀疼痛，同时伴有捻发音，恶心和呕吐。
还有部分患者以咽炎症状出现，1~3周左右即可发展成肺炎或支气管炎等症，咳嗽加剧，并伴有可能引起肺外感染，如中耳炎、关节炎，还可合并甲状腺炎及其他疾病。