大部分男性感染衣原体后无症状产生，也可能会出现以下不适症状：
1、反复尿痛，尿道不适，瘙痒，刺痛感或灼烧感。
2、沙眼衣原体能引起非淋球菌性尿道炎并有排尿不畅的排尿不尽感，偶见黏液丝随尿液排出，少数病人有稀薄脓性分泌物，尿道发红。
3、附睾感染会表现为附睾增大，硬化甚至刺痛，严重时可见阴囊发红。