治疗病毒疣的方法有物理治疗、外用药物等方式进行治疗。
物理疗法主要有冷冻、激光、电烧灼、刮除等多种方式来去除，大一点的可以用外科手段进行切除。
外用药物，如有腐蚀性药物。可以通过冰醋酸、鬼臼毒素、甲醛等药物来治疗疣体，让疣体坏死脱落。还可以口服咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶等抗病毒的药物。这些药物的刺激作用很弱，但效果却很缓慢。