男性生殖系统真菌感染的治疗包括注意个人卫生、使用抗真菌的药物、对因治疗。
治病期间建议患者注意私密处卫生管理，保持清洁干燥；在医生的指导下使用真菌药物进行对症治疗；或者是去除各种诱发因素，积极治疗原发病，如艾滋病等疾病，通过加强锻炼，增强自身免疫力。