衣原体感染不治疗是不会自愈的。
衣原体感染后可能会导致尿道炎、结膜炎等疾病，不及时的处理，会导致症状加重，从而引发炎症。尿道炎是由衣原体感染造成的，如果没有得到有效的处理，就会出现尿痛、尿急、尿频等情况，甚至会导致精囊炎、附睾炎、盆腔炎等疾病。
因此，患者需要及时进行治疗。