非淋性尿道炎通常都能治愈。
如果被确诊为非淋菌性尿道炎，可采用抗生素类药物治疗，例如，盐酸多西环素片，阿奇霉素胶囊、左氧氟沙星片等，多数患者服药1-2周后可逐渐自愈。如果如感染较严重，用药周期或可适当延长。
在处理过程中，还应对患者的配偶进行必要检查，判断有无感染。如果有性生活，丈夫和妻子应该同时接受治疗。