大多数情况下6～9个月后传染性软疣皮疹可自行消退，病程与数目无关，愈合后不留瘢痕，所以患者不用过于担心。
但是传染性软疣的数目较多，或影响美观，患者可以采用局部药物治疗清除皮损。或是采用其他的治疗方法，如激光、液氮冷冻、电灼等。临床常用药物有维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏或西多福韦软膏等。