一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。