目前，支原体感染的常用药物为阿奇霉素和红霉素。
支原体为病原微生物，长期接触抗生素，对抗生素有躲避及耐药现象，一但耐药发生，红霉素、阿奇霉素目前没有效果。因此，细菌与抗菌药发生了争斗，需要长时间服药，再用效果极有可能。
若确诊为支原体感染，症状明显者，药物优选阿奇霉素，或者红霉素，如大环内酯类。若服药效果不佳，可选用左氧氟沙星或四环素类等。