支原体感染不同部位，引起的症状也不同。
泌尿系感染：尿频、尿急、尿痛是一种常见的尿路炎症。有的人会有尿道炎症，但会表现为尿痛。尿道处会有一些红肿或者是脓状的分泌物。
生殖器炎症：会导致睾丸炎、附睾炎、睾丸的痛苦、附睾等处的不适、阴囊水肿、鞘膜积液等。阴道炎、子宫内膜炎、盆腔炎、卵巢炎等都会导致阴道白带增加、下腹部的痛苦。