妇女衣原体阳性可有妇科疾病，也可表现为泌尿生殖系统方面的病变，例如阴道炎和尿道炎。
衣原体阳性一般可经性接触而扩散，还可通过分泌物造成交叉感染，因此，在妇女妇科检查呈衣原体阳性的情况下，多数提示病人有阴道炎，盆腔炎等疾病、子宫内膜炎及其他病症。