感染衣原体后，因个体差异较大，给药并没有绝对最好，最快，效果最好，除了普通的非处方药，要充分根据个人情况，在医生的指导下，选用最适合自己的药物。
肺炎衣原体感染，以盐酸多西环素、罗红霉素颗粒、阿奇霉素胶囊、克拉霉素胶囊为第一线治疗。
沙眼衣原体的感染，通常是因四环素类和大环内酯类，能较好地抑制沙眼衣原体，喹诺酮类和青霉素类亦有较好的效果。