泌尿系统感染应针对泌尿系统感染致病菌种类选药。常见细菌，例如革兰氏阴性杆菌、变形杆菌、大肠杆菌等，还有支原体和衣原体或结核菌还可导致泌尿系统的感染。
常见细菌感染通常使用喹诺酮类抗生素，例如左氧氟沙星片、诺氟沙星胶囊等；支原体及衣原体所致感染，常使用四环素类和阿奇霉素片合用；结核菌致泌尿系统感应选用抗结核药物。