男性衣原体感染大多无症状，少数有症状者表现为明显炎症。
如尿道炎，常表现为尿道刺痒、刺痛或烧灼感等。其次是附睾炎，大多是急性起病，表现为一侧或双侧附睾疼痛和触痛、肿大等。然后是前列腺炎，表现为后尿道、会阴部、肛门等区域轻微的疼痛或坠胀感等。患者衣原体感染后的症状因人而异，应前往医院明确诊断病症。