尿道流脓时，需针对特定的原因选用敏感性抗生素进行治疗。
致尿道流脓可以遵医嘱酌情使用头孢曲松钠、第三代头孢类抗生素，如头孢噻肟，可促进疾病的康复。
男性尿道流脓也许是因为前列腺炎，并发有发热的症状，需使用青霉素，头孢拉定等、甲硝唑及其他药。
女性尿道流脓可表现为尿道旁脓肿，易造成尿道口不停脓。如尿道旁脓肿等，需用碘伏进行消毒处理，并提示遵医嘱外搽红霉素软膏、如金霉素软膏，口服头孢拉定等、阿莫西林及其他抗生素的应用等。