传染性软疣发病原因及发病机制单一，导致该病发生的传染性疣状病毒属痘病毒类，共有四种类型和几个亚型，MCV-1最为多见。
传染性软疣病毒具有亲表皮的特点，它可以通过性接触与非性接触的方式在人与人之间进行传播，且能自身接种，相继出现。病毒感染、皮肤表面受损、免疫力低下等因素，会加大病毒感染的概率。