性功能检查有常规检查与特殊检查、常规检查两种，例如肝肾功，血常规，尿常规，血糖，性激素等，也有前列腺检查。特殊检查包括夜间阴茎勃起监测、神经肌电图检查等，也有阴茎血管彩超检查。
通常存在性功能障碍的患者，常规检查均应进行，可根据具体情况选择应否做专门检查。