传染性软疣通常外用药物有水杨酸制剂等、咪喹莫特霜剂和石碳酸。在临床应用中发现有一定疗效。合并感染可应用莫匹罗星软膏治疗，如有需要，可与西多福韦联合用药。
外用药物常以水杨酸制剂为主，外用水杨酸，与聚维酮碘溶液联用，能使皮损消退更快。还可使用咪喹莫特霜去除疣体，能够达到较好的治疗效果。