阴囊传染性软疣通常可通过用药、手术等方式根治。
当阴囊感染传染性软疣病毒后，则可能出现传染性软疣。在进行根治时，可遵医嘱用水杨酸、干扰素等药物，还可由医生在无菌条件下夹除或刮除传染性软疣，术后还可以用红霉素软膏来预防细菌感染。
治疗过程中要注意个人护理，不要发生性行为，不可与他人共用内裤、毛巾。