非淋潜伏期最长的时间较难估计，与自身的病情有关。
如病人体质较弱、抵抗力较差，此现象可使潜伏期缩短，加快症状发生。第一阶段可以从尿道深部黏膜下起发，此时期细菌主要集中于泌尿生殖系统和皮肤粘膜上，当机体免疫功能下降时，淋病奈瑟菌易入侵泌尿生殖道而引起急性炎症。第三个阶段是解毒阶段，有些淋病奈瑟菌在死后能分泌内毒素，引起组织产生毒素反应。