清除人乳头瘤病毒临床上常用的是免疫调节剂，如干扰素、胸腺五肽、转移因子等。通过细胞免疫调节导致炎症细胞，释放更多细胞因子，清除体内的人乳头瘤病毒。不同的人乳头瘤病毒感染导致的各种病毒疣治疗原则，基本上均为局部治疗。局部可以采用冷冻治疗、激光治疗，或者光动力治疗，也可以外涂药物，如鬼臼毒素、鸦胆子溶液等。