支原体感染会反复复发。支原体感染如果一次彻底治愈，很少会复发，大多数支原体感染会在症状消失后停止治疗。
最常见的反复感染是夫妻间的交叉感染，治疗期间仍然有性生活，甚至无套性生活。支原体会在两个人之间交叉感染，导致长期不愈。
还有夫妻之间不完全隔离，比如坐便、浴缸、洗脸、洗手盆等交叉感染都会导致支原体感染反复复发。阿奇霉素、罗红霉素、红霉素等口服药物需要2-4周才能完全治愈，停药一周后再做菌培养检查支原体阴性。