非淋菌性尿道炎与普通尿道炎的区别如下：
1、非淋菌性尿道炎均由支原体、衣原体感染，普通尿道炎多由细菌感染。
2、非淋菌性尿道炎多采用专用抗生素治疗，例如阿奇霉素、头孢曲松、大观霉素，普通尿道炎多选用左氧氟沙星。
3、普通尿道炎经过3-5天乃至7天治疗后可基本治愈，且非淋菌性尿道炎较易复发，需要定期复查。