传染性软疣是可以根治的，目前常用的治疗方法有夹除术、冷冻、激光等。
夹除术是直接用无菌镊子夹住疣体，在术前可以适当的使用局麻剂来缓解疼痛。冷冻是利用液氮产生低温，使疣体坏死脱落，但术后会出现水疱、色沉等不良反应。激光主要采用二氧化碳激光，烧灼汽化病变组织，去除疣体。
除掉疣体外，切断传播途径同样重要。本病主要通过自体接种和直接接触传播，患者应避免搔抓皮疹，避免共用毛巾、衣物等私人物品，如生殖器或附近皮肤出现皮疹，在痊愈前应避免性接触。