男性淋病是由淋球菌感染引起的。
淋球菌是一种主要侵犯粘膜，特别是粘膜柱状细胞的革兰阴性双球菌。淋病奈瑟菌感染后会侵入男性前尿道等部位，通过细胞菌毛和外膜蛋白Ⅱ使淋病奈瑟菌迅速粘附在上皮细胞上，通过柱状上皮细胞吞噬进入细胞内繁殖。当上皮细胞受到损伤时，会发生溶解，释放淋球菌进入粘膜下层，与宿主补体协同作用，引起局部炎症反应。
若不及时治疗，淋球菌会进入尿道腺体及隐窝，成为淋病的主要病灶。另外，淋病奈瑟菌还能进入血流，导致败血症及播散性淋病。