病毒软疣可在消毒无菌情况下进行，用齿镊或弧形血管钳夹住软疣，将其内容物挤入，外涂碘伏，防止感染。
对于面积较大的皮肤上出现的点状或线状病灶，可采用手术切除的方式去除。数量多，皮损少，可外用药物，如外用的维A酸软膏，斑蝥素、咪喹莫特霜，可以彻底治疗，如略有疏漏，然后再做挤疣，夹疣的处理，直到肃清为止。