衣原体感染大部分可以治愈，少部分容易反复发作。
在临床上，有些疾病可能会引起衣原体感染，在清楚被衣原体感染时，就要对衣原体用抗生素。一般对衣原体敏感者为红霉素和罗红霉等大环内酯类。用抗生素治疗1个疗程后，若症状缓解，一段时间再复查，大部分可以治愈。但是治疗不及时、不规范者，病情容易反复发作，可能难以治愈。