男性病毒疣能治愈得到及时处理的话就能治好，需结合实际情况选用局部或口服药物。
对于男性而言病毒疣主要生长于包皮、龟头、冠状沟等部位，及肛门周围。若较小者可先外用药物，例如鬼臼毒素酊或者咪喹莫特乳膏，能使小疣体得以消除。如果比较大，则推荐使用二氧化碳激光先行、液氮冷冻等法除去疣体，较大者可用手术摘除，再外用干扰素凝胶等以预防复发。