多数患儿软疣如无继发感染或湿疹反应，可自行减退，不留疤的。小儿软疣如不能自己消退，或疣体较大，影响外观者可手术。
这种病是一种自限性疾病，随诊观察亦可，但是由于疾病的恢复时间不可预知，怕传染眼睑、临床常选用积极治疗。在治疗中首选嵌夹治疗，首先，皮损内软疣小体被充分挤压出来，然后外搽碘酊，进行清洁消毒。还可以通过冷冻治疗或其他手段进行处理。