人乳头瘤病毒通常会导致寻常疣、尖锐湿疣病变，也可能产生癌变。
人乳头瘤病毒常引起患者皮肤或黏膜鳞状上皮增生，常为良性疣状物。有寻常疣，皮损为表面粗糙，质地较硬的肤色或者褐色丘疹。还有尖锐湿疣，出现于生殖器的四周，可以出现丘疹和菜花状的赘生物。少数高危性人乳头瘤病毒患者会癌变，如宫颈癌、口腔癌等。