不同的支原体感染会引起不同的疾病。
致病支原体中，肺炎支原体会引起肺炎，人型支原体，解脲支原体和生殖器支原体主要引起泌尿生殖道感染。支原体肺炎主要通过飞沫传播。生殖器支原体感染属于性接触传播疾病，成人主要通过性接触传播，新生儿则由母亲生殖道分娩时感染，成人男性的感染部位在尿道黏膜，女性感染部位在宫颈。